We wrześniu 1947 r. wydał swój ostatni rozkaz i przekazał dowództwo kpt. Zdzisławowi Brońskiemu ps. Uskok.

Zagrożony aresztowaniem wspólnie z grupą swoich podkomendnych oraz Inspektorem Inspektoratu Lubelskiego WiN Władysławem Siłą-Nowickim podjął kolejną próbę ucieczki na Zachód. Zorganizowany wyjazd i przerzut za granicę był najprawdopodobniej prowokacją UB.
Wszyscy jego uczestnicy zostali aresztowani pomiędzy 15 a 17 września 1947 r. w okolicach Nysy.

Mjr Dekutowski po przewiezieniu go do więzienia MBP na warszawskim Mokotowie poddany został brutalnemu śledztwu, które trwało od września 1947 r. do czerwca 1948 r.

3 listopada 1948 r. przed Wojskowym Sądem Rejonowym w Warszawie rozpoczęła się niejawna rozprawa – na ławie oskarżonych obok mjr Dekutowskiego i jego sześciu podkomendnych zasiadł Władysław Siła-Nowicki.

Składowi sędziowskiemu przewodniczył mjr Józef Badecki, będący wcześniej m.in. członkiem zespołu sędziowskiego WSR, który skazał na śmierć rotmistrza Witolda Pileckiego.

15 listopada 1948 r. zapadły wyroki. Wobec mjr Dekutowskiego sąd orzekł siedmiokrotną karę śmierci. Pozostałych oskarżonych również skazano na śmierć.

Prośby o łaskę napisane przez niego i jego matkę zostały odrzucone przez Bolesława Bieruta.

Mjr Dekutowski został skatowany (połamano mu kończyny i wybito wszystkie zęby), a następnie osadzony w karcerze, gdzie przebywał do egzekucji.

7 marca 1949 r. w więzieniu MBP na warszawskim Mokotowie władze komunistyczne wykonały na nim karę śmierci.

Tego samego dnia straceni zostali również jego podkomendni: kpt. Stanisław Łukasik Ryś, ppor. Roman Groński Żbik, ppor. Jerzy Miatkowski Zawada, ppor. Edmund Tudruj Mundek, Tadeusz Pelak Junak i Arkadiusz Wasilewski Biały.

Hieronim Dekutowski odznaczony był m.in. Krzyżem Walecznych (1945) oraz pośmiertnie na obczyźnie Krzyżem Orderu Virtuti Militari (1964).

Wyrok wydany na niego przez władze komunistyczne został unieważniony w maju 1994 r. decyzją Sądu Wojewódzkiego w Warszawie.

5 marca 2008 r. Prezydent RP Lech Kaczyński odznaczył pośmiertnie mjr Dekutowskiego Zaporę i jego sześciu żołnierzy straconych wraz z nim Orderami Odrodzenia Polski.