Dr hab. Tomasz Jurczak od 2002 roku prowadzi prace naukowe z zakresu ekohydrologii i eutrofizacji wód. Realizuje badania w zakresie analizy sinic i toksyn przez nie produkowanych, czynników odpowiedzialnych za ich powstawanie oraz zajmuje się pracami związanymi z rekultywacją ekosystemów wodnych i wdrażaniem innowacyjnych rozwiązań systemowych w celu poprawy jakości wód powierzchniowych i adaptacji miast do zmian klimatycznych.
Profesor Jurczak jest autorem i współautorem ponad 50 publikacji naukowych z listy czasopism filadelfijskich z zakresu ekologii i ekohydrologii. Koordynował i realizował łącznie 8 projektów międzynarodowych i 11 projektów krajowych.