Była żoną lekarza Aleksandra Margolisa (18871939) z którym miała dwoje dzieci: Alinę (19222008) i Jana (19281998). Po wybuchu II wojny światowej i rozstrzelaniu męża przez Niemców w 1939 w Łodzi, przeniosła się z dziećmi do Warszawy. Została przesiedlona do getta warszawskiego, gdzie była ordynatorem na oddziale gruźliczym w Szpitalu Dziecięcym. Po wojnie zorganizowałą i kierowała Sanatorium Przeciwgruźliczym dla Dzieci w Łagiewnikach. W ramach działającego na terenie sanatorium Zespołu Naukowo-Badawczego Instytutu Gruźlicy opublikowała szereg prac naukowych z dziedziny ftyzjopediatrii.

Ewa Kamińska Bużałek z Łódzkiego Szlaku Kobiet opowiadała Agacie Zielińskiej o Annie Margolis