21 kwietnia abp Gocłowski przeszedł drugi, bardzo rozległy wylew. Lekarze Uniwersyteckiego Szpitala Klinicznego, gdzie przebywał, określali jego stan na bardzo ciężki, a nawet krytyczny.

Arcybiskup Gocłowski kierował archidiecezją gdańską w latach 1992-2008. Należał do Zgromadzenia Księży Misjonarzy św. Wincentego Paulo. Miał tytuł doktora prawa kanonicznego. Był Kawalerem Orderu Orła Białego.

Jako arcybiskup senior aktywnie pracował na rzecz Kościoła, pełnił funkcję referenta do spraw biskupów emerytów w Konferencji Episkopatu Polski, był też zastępcą Przewodniczącego Rady Fundacji „Dzieło Nowego Tysiąclecia”. Angażował się w działalność publicystyczną, występował w mediach. Inicjator cyklu debat Gdański Areopag.

W latach 1983-1984 biskup pomocniczy gdański, od 1992 roku – arcybiskup. Był między innymi członkiem Rady Stałej Episkopatu Polski, współprzewodniczącym Komisji Wspólnej Episkopatu i Rządu oraz przewodniczącym Komisji Episkopatu do spraw Duszpasterstwa Ludzi Pracy. Pełnił funkcję Moderatora Krajowego Duszpasterstwa Ludzi Morza.

W latach 1988-1989 jako duszpasterz ludzi pracy był uczestnikiem rozmów w Magdalence. Z ramienia Episkopatu Polski brał udział w przygotowaniach do Okrągłego Stołu. Dwukrotnie: w 1987 i 1999 roku gościł w Gdańsku papieża Jana Pawła II podczas jego podróży apostolskich do Polski.

W latach 80. biskup Gocłowski publicznie upominał się o prawa obywatelskie, występował w obronie represjonowanych. Od samego początku był sympatykiem i obrońcą „Solidarności”, zwłaszcza w okresie stanu wojennego.

Kierując archidiecezją gdańską zajmował publiczne stanowisko między innymi w kwestii lustracji, opowiadając się za ujawnieniem akt aparatu bezpieczeństwa i przestrzegając przed wydawaniem pospiesznych wyroków. IAR