Zmiany w prokuraturze mają też przywrócić Polakom wiarę i zaufanie do wymiaru sprawiedliwości. Nowa ustawa,oprócz ponownego połączenia funkcji ministra sprawiedliwości i prokuratora generalnego, zakłada likwidację prokuratury wojskowej i włączenie jej do struktur cywilnych. Wojskowi śledczy mają „odciążyć” w sprawach kolegów od spraw cywilnych.

Przestaną również działać prokuratury apelacyjne. W to miejsce pojawi się Prokuratura Krajowa, zajmująca się najpoważniejszymi śledztwami. W Prokuraturze Krajowej zostanie utworzony Wydział Spraw Wewnętrznych. Będą w nim prowadzone postępowania przygotowawcze w sprawach najpoważniejszych czynów przestępczych popełnionych przez sędziów, prokuratorów i asesorów, co pozwoli na ujednolicenie praktyki ścigania i karania.

Nowe prawo przewiduje również, że wszyscy śledczy – poza kierownictwem prokuratury – będą zobowiązani do posiadania własnego referatu, czyli prowadzenia śledztw. IAR